始祖病毒的发现
始祖病毒的发现最早可以追溯到19世纪。当时欧洲正盛行着冒险与勘探，许多有志于探索世界一举成名的年轻人纷纷投入到该领域当中。1800年，欧洲著名富商特拉维斯家族中的小儿子亨利·特拉维斯（Henry Travis）将家族中属于自己的资金全部投入到了冒险领域，并立志成为像大卫·利文斯通一样的勘探家并誉满世界。
受到大卫·利文斯通在非洲勘探成果的影响，亨利·特拉维斯先后五次前往非洲大陆进行冒险和勘探，他的勘探遍足非洲每一个角落。亨利在其第五次探索非洲大陆时记录的西非民俗成为后来一切生化危机事件的起源，而这恐怕也出乎了亨利·特拉维斯的预料……
迪拜亚部落的仪式
亨利·特拉维斯在第五次非洲探险中，曾亲身经历了一次当地部落的首领选拔仪式。亨利详细的将仪式的全部过程记录在其笔记当中。亨利记录的这个仪式正是迪拜亚部落的首领选拔仪式。
迪拜亚部落（Ndipaya）是散居在西非地区的当地土著部落，人们知道迪拜亚部落的存在是因为当地部落有成熟的房屋建筑能力和遗产保护技术。然而人们所不知道的，是现在迪拜亚居住地的地下正式古代迪拜亚帝国庞大的遗址。
古代的西非地区是由迪拜亚帝国统治的。帝国的国王有着无限的权威，并且被他的子民奉为“最接近太阳神”的神祗。迪拜亚部落流传着一个神话，就是他们的国王拥有数百年的寿命，并且勇敢无畏，刀枪不入。但是，成为迪拜亚帝国国王是一条十分艰辛的道路。因为迪拜亚帝国的王位传承并不是依靠血缘关系，他们保持着原始部落传统的推举方式。推举出来的领袖必须要通过太阳神的考验才能成为国王。这个考验就是“太阳阶梯”仪式。
“太阳阶梯“是古代迪拜亚王国的圣物，一种含有剧毒的大型菊科植物，“太阳阶梯仪式“则是需要候选人生服这种剧毒植物，只有活下来的那位才能成为部落领袖，同时他也将拥有远超于常人的寿命和力量。
千百年来，迪拜亚帝国就是依靠这种方式来选择自己的首领，并将其视为神所认可的人。而迪拜亚的这种传承仪式一直持续到了19世纪。亨利·特拉维斯也有幸看到了这个仪式，了解到了其背后的神话，并将其完整的记录了下来。
然而，亨利·特拉维斯多年的心血《自然历史调查》并不为欧洲学术界所认同，特别是里面的民俗，被当地学术界看作是“很好的冒险小说”。亨利遭到了学术界冷遇，从此一蹶不振，不久郁郁而终。亨利·特拉维斯的《自然历史调查》成为了后来特拉维斯贸易公司在非洲起步的重要参考文献，特拉维斯贸易也因为在非洲矿业开采、运输上的成功而壮大成联合企业公司Tricell。
当年亨利·特拉维斯的勘探总集《自然历史调查》大部分都被他的长兄购回，自此《自然历史调查》在世间彻底消失。然而亨利的长兄却不知道，他并没有全部将书籍收回。出身贵族的斯宾塞家族一直保存着一整套《自然历史调查》，并将其传承了下去。
时间来到20世纪60年代，《自然历史调查》被斯宾塞家族现任族长奥斯维尔·斯宾塞无意间翻出，在阅读过书籍所记载的内容后，斯宾塞对其中描述的“太阳阶梯”花朵产生了相当浓厚的兴趣，他将此发现告诉了好友爱德华·阿什福德及其同学詹姆斯·马库斯，身为生物学博士的詹姆斯·马库斯觉得“太阳阶梯”花朵中也许存在某些能让人体产生变异的物质，提议三人一起前往西非寻找花朵，并对其进行研究，另外二人欣然同意。随后，一行人通过武装力量的帮助下驱逐了当地的迪拜亚土著，控制了“太阳阶梯”花朵所在的圣坛，并开始了对“太阳阶梯”花朵的采样分析。
回到欧洲的马库斯与爱德华·阿什福德一起着手对始祖病毒和“太阳阶梯”进行研究。但是很快他们便失望了。被带回欧洲的“太阳阶梯”花朵不知为什么失去了相应的特性，无法继续提炼始祖病毒了。而在欧洲新培育的“太阳阶梯”花朵也无法产生“始祖病毒”。不死心的马库斯将土壤和水质换为西非时当地的土壤水分，但是“太阳阶梯”仍然无法产生“始祖病毒”。沮丧的马库斯博士为此与他的学生布兰登爆发了激烈的争吵，爱德华也有些不知所错。而就在此时，斯宾塞却提出了一同建立公司的想法。马库斯、布兰登乃至于爱德华对斯宾塞的这个想法毫无头绪，心绪不佳的他们想都没想就同意了斯宾塞，放任斯宾塞去着手组建公司的全部工作。
就在始祖病毒的研究陷入僵局时，爱德华·阿什福德在采回的太阳阶梯土壤附近找到了一只死去的古代女王蚁。爱德华敏锐的感觉这个女王蚁一直从古代存活至今非常不一般，于是着手进行研究。果然，爱德华从这只蚂蚁还存活的细胞中发现了始祖病毒的痕迹，这证实了马库斯在西非的发现，也为始祖病毒的进一步研究打下了坚实的基础。爱德华·阿什福德因此也成为了始祖病毒系列研究的奠基人而为后世所知。
爱德华取得突破之后，马库斯决定回到西非，重新采集始祖病毒。斯宾塞则决定直接在“太阳阶梯”花坛附近建立研究所，提炼始祖病毒并发往各地。这个研究所由马库斯的学生布兰登负责管理。这个研究所就是安布雷拉公司第一个始祖病毒研究机构——非洲研究中心。
安布雷拉成立
1968年，与家族势力雄厚的爱德华和斯宾塞两人合力组建了安布雷拉联合制药公司（Umbrella Inc），也就是我们所熟知的保护伞公司，表面是一个拥有雄厚财力的制药企业，实际上却在背后从事着病毒的研发工作。
安布雷拉又在美国阿克雷山区以及法国巴黎分别设立了三处研究所，值得一提的是阿克雷山区正是浣熊市的所在地，同时阿克雷研究所也是由设计师乔治·特雷沃所设计的斯宾塞家族洋馆改建而来。
同年，爱德华·阿什福德因不慎感染“始祖病毒”而死亡，他的儿子亚历山大·阿什福德继任家主，并接手了其父亲的研究。而斯宾塞不满缓慢的研发进度，打算另辟蹊径，秘密启动了“威斯克计划”，他大范围搜集那些拥有着高智商的孩童，向他们灌输自己的价值观，并全部改姓氏为威斯克，其中有两个实验对象最为出众，十二号阿历克斯·威斯克，和十三号阿尔伯特·威斯克。
至此，生化危机终于拉开序幕。
新病毒的诞生
非洲研究中心正在兴建的时候，斯宾塞也开始着手在其他地区建立研究机构。其中最重要的研究机构就是位于法国巴黎的欧洲研究中心和位于美国中部阿克雷山区（Arklay Mountain Area）的阿克雷研究所（Arklay Research Factory）。始祖病毒最早的研究成果就是在这个两个区域诞生的。随着研究的深入，始祖病毒及其变异体开始越来越丰富，而国际生化危机的出现也越来越多样化和不可控化。
始祖病毒的研究最早是用于对生物进化的研究之中。阿克雷研究所建立完成之前，在欧洲，爱德华和马库斯分别在昆虫类、两栖类和哺乳类动物身上。实验结果发现，这些生物虽然因为各自DNA不同所造成的变异也不同，但是他们都出现了体型巨大、食欲增长的情况。但是，从生物进化的角度上讲，这样的生物很难称之为进化。马库斯对这样的研究结果根本不满足，于是提出要在人类身上进行病毒实验的建议。
1967年，阿克雷研究所建立完成，马库斯被调任至阿克雷研究所附近的干部培训所担任所长，并兼任阿克雷研究所研究主任一职。出于对阿克雷研究所所有机密的保密考虑，在斯宾塞的授意下，马库斯将两种始祖病毒的初级变异体注射到了阿克雷研究所的设计者——乔治·特列沃（George Travor）的妻子杰西卡（Jessica）和女儿莉莎（Lisa）体内。杰西卡体内的变异体并没有对杰西卡产生什么其他影响，却使杰西卡经常出现意识模糊和记忆不清的情况，这个结果并不为人满意，因此杰西卡被安乐死；而女儿莉莎所注射的始祖β变异体产生出了融合迹象，因此被锁在了实验区域，开始了长达十几年的各种生化实验。
特列沃一家的悲剧是始祖病毒研究走入人类的开始，也为整个始祖病毒的研究打下了邪恶和不人道的注脚。值得一提的是，马库斯推开了人体实验这一恶魔之门后，变得麻木不仁。他利用职务之便，擅自将干部培训所内的学员当做了实验体进行实验，也因此遭到了公司上层的排挤，影响力不断下降。这也为后来马库斯的人生悲剧埋下了伏笔。当然这是后话。
马库斯在对莉莎（日后被称为“女性实验体”）的研究当中，意识到始祖病毒研究的最大问题在于稳定性，因此马库斯将病毒的稳定性和增强可塑造性作为其研究工作的重点。在经过长期研究和仔细选择之后，马库斯选择将始祖病毒与水蛭基因相结合。马库斯认为，水蛭对环境的耐受力和适应力都是很强的，因此水蛭基因一定能够强化始祖病毒对环境的适应性，从而提升始祖病毒的稳定能力。
1977年8月，马库斯将始祖病毒与水蛭基因的融合实验取得了相当大的成果，始祖病毒的二次变种研制成功并达到了预期目的。与之前的始祖病毒不同的是，这次的变种将原先漫长的融合过程大大的加快，并且使宿主狂暴化。马库斯因此将这个变种命名为“暴君病毒”（Tyrant Virus），简称“T病毒”。
1978年2月，马库斯之前曾私自使用公司学员做为人体实验样本的秘密被安布雷拉公司董事会得知，马库斯便因此被公司扫地出门，原先他所在的干部培养所也被撤除，所有研究资料以及数据都被转移到了阿克雷研究所，马库斯的两个学生，威廉·柏金和阿尔伯特·威斯克则成为了研究所的主任研究员。
由于之前爱德华·阿什福德的意外死亡，此时的斯宾塞在安布雷拉内部可谓是大权独握，被权力冲昏头脑的斯宾塞觉得马库斯的存在无异于一颗定时炸弹。于是在1988年的某一天，他派遣手下威廉·柏金，和当时已经成为浣熊市警察局卧底的阿尔伯特·威斯克一起，将马库斯秘密杀死在他的家中，并弃尸下水道。
但是他们不知道的是，作为马库斯实验样本，感染了T病毒的水蛭女王在他们走后爬进了马库斯的嘴里……
虽然马库斯的职权被停止，马库斯被调离，但是有关T病毒的相关研究却在阿克雷研究所继续进行。在威廉·布金的主导下，阿克雷研究所利用T病毒及其变种，研制出了“猎人”系列（Hunter）、海王星（Neptune）、地狱犬（Cerberus）等活体生物兵器（Bio Organic Weapon，简称“B.O.W.”）。而T病毒所研制出的最著名的B.O.W.莫过于暴君系列（Tyrant）了。
与此同时，安布雷拉法国分部正在开展一项名为“nemesis（复仇女神）”的研究计划，“nemesis”是一种通过基因改造的寄生体，它被植入大脑后能显著的强化宿主智力，但是绝大多数的生物无法承受“nemesis”的改造过程，短时间内就会死亡。威廉·柏金却在此看到了制造完美暴君的希望，在获得斯宾塞首肯后，威廉·柏金丧心病狂的将“T病毒”与“nemesis”同时注入大批实验样本体内。
实验最终以大面积实验体死亡而告终，而莉莎侥幸存活了下来，此前作为实验对象的她就已经被接种过“始祖病毒”，以至于基于“始祖病毒”开发的任何新型病毒都在在她身体里成功融合并且变异，她甚至将大脑内的“nemesis”也一并吸收，这一现象引起了威廉·柏金的注意，他提取了莉莎体内物质，从而研发了一种新的病毒“G病毒”。
1998年，已经死亡十年之久的马库斯借由“T病毒”和水蛭女王的寄生，以年轻时的形态得以复活，并发誓一定要狠狠报复安布雷拉。
他首先破坏了阿克雷研究所和浣熊市地下研究所的部分设施，造成了病毒泄露事故，无数的工作人员以及实验生物惨遭感染，一批B.O.W（Bio Organic Weapon有机生化兵器）地狱犬从阿克雷研究所所处的洋馆从逃出，在短时间内袭击并杀死数名市民和游客。
原本看似平静的阿克雷山区便笼罩在一片疑云之下，《生化危机0》和《生化危机1》的故事由此展开。
复仇与阴谋（上）（生化危机0）
继病毒泄露事件后，媒体争相报道阿克雷山区神秘连环杀人事件，引起当地居民的强烈恐慌，浣熊市警察局命令S.T.A.R.S特别行动小组前往阿克雷山区进行调查和搜救，而安布雷拉公司也派遣一个了调查团去最早失去联系的干部养成所进行调查。
1998年7月23日，S.T.A.R.S的Bravo小队由队长恩里克带领，携队员杜利、爱德华、理查德、福瑞斯特、肯尼斯、瑞贝卡，等六人乘坐直升机进入阿克雷山区，但是途中直升机不幸遇到引擎故障，不得不迫降在里阿克雷研究所大约3英里的地方，好在没有人员伤亡。
成功脱出的Bravo小队在相互确认队员时，发现了被破坏的囚犯护送车和惨死的海军护送队员。
S.T.A.R.S布拉瓦小队队长恩里克对部下指示追迹从囚犯护送车逃走的原海军少尉比利·柯恩。分头搜索以求尽快解决事态。
但此时，谁又会想象得到这次事件的发生使得阿克莱山区陷入了大灾难中……
瑞贝卡·钱伯斯在与队友分开搜索时，发现一辆停靠在旁的列车，当她进入列车后，却发现乘客们都已经离奇死亡， 但更可怕的是，这些皮肤溃烂的死人竟然都缓缓站起，如同恐怖电影里的“丧尸”一般举着双手，向瑞贝卡步步逼近。
惊慌失措的瑞贝卡连忙开枪，但丧尸似乎并不畏惧疼痛和子弹，她只能夺路而逃。不明的“野兽"、被啃咬的尸体....这一切状况都与此前浣熊市报道的几桩杀人案件极为相似。渐渐平复心绪、继续展开调查的瑞贝卡发现，搜捕的目标——死刑犯比利竟然也在这辆列车上，显然这个高大健硕的男子并不把刚毕业的小姑娘放在眼里。
没过多久Bravo小队的爱德华·杜威也狼狈地跳进车内，身上都是被野兽撕咬的痕迹，看来车厢外的同伴们同样遭到了攻击。而当瑞贝卡遭遇水蛭群的袭击、命悬一线之际，比利还是及时赶来，连开数枪将她救下。比起那些嗜血的恐怖生物，杀人犯似乎没那么可怕，而为了求生，瑞贝卡和比利也开始相互合作。
此时，威廉·柏金和威斯克为了销毁病毒泄露的证据，派出小队将停止的列车重新启动开往干部养成所，不过这个可怜的小队很快就被埋伏在附近山上的马库斯操纵水蛭群给灭杀了，失控的列车急驶冲向了干部养成所。
在瑞贝卡和比利的努力下，列车最终没有撞毁，而是侧翻在了干部养成所的地下车站，幸存下来的两人则前往地面的养成所大厅寻找出路。此时此刻，威廉·柏金和威斯克的监控镜头前出现了一位神秘青年，那正是以年轻时模样复活的马库斯，由于水蛭雌雄同体的特征，被水蛭女王复活的马库斯也是一副不男不女的模样，他声称一定要完成对安布雷拉的复仇。
随着瑞贝卡和比利调查的深入，两人发现了隐藏在干部养成所地下的研究设施，以及大量用作病毒实验的人类尸体。各种被病毒感染变异的生物，还有猎杀者、暴君等B.O.W，证明了安布雷拉这个制药公司在暗地里的丑恶行径。一路走来，比利对瑞贝卡数次出手相救，而瑞贝卡对他也是越发信任，甚至在无线电通话时骗队长恩里克说自己还没有发现逃犯。比利也向她道出了实情，证明自己是在一次非洲的维和行动中遭到了队友的栽赃陷害。
在与落水的比利失散后，瑞贝卡见到了恩里克。队长本打算带着小姑娘一起前往安布雷拉用于研究的洋馆与其他人会合，但瑞贝卡却执意要先找到比利。她当时并不知道，这竟是自己与队长见的最后一面.....
最终，复活的马库斯出现在了两人的面前，他将自己如何被自己的学生杀死，安布雷拉公司如何抢夺自己的研究成果的故事说给了两人听，如今他要报复安布雷拉，报复这个世界并摧毁它。
失去理智的马库斯将怒火转移到了瑞贝卡两人身上，释放出水蛭女王对他们展开了攻击，在战斗的过程中，瑞贝卡发现水蛭女王有一个致命的弱点，就是惧怕阳光，于是在比利的帮助下打开了天棚，让阳光照射在了它的身上，趁它最虚弱的时候将其消灭了，那个可怜又极其可恨的马库斯终于彻底死去，瑞贝卡和比利也得以逃出生天。
清晨，太阳驱散了一切的浓雾，将阿克雷山区渲染成一片金色，瑞贝卡即将启程洋馆去寻找她的队友，在临别前她拿走了比利脖子上的狗牌，打算帮他伪造一份死亡记录，两人在朝阳的映照下互行军礼分道扬镳。
因和bravo小队失去联系长达24小时，浣熊市警局决定加派增援，1998年7月24日，由阿尔伯特·威斯克作为队长，带领S.T.A.R.S的alpha小队搭乘直升机前往阿克雷山区……
复仇与阴谋（下）（生化危机1）
因和bravo小队失去联系长达24小时，浣熊市警局决定加派增援，1998年7月24日，由阿尔伯特·威斯克作为队长，带领S.T.A.R.S的alpha小队搭乘直升机前往阿克雷山区……
不久后，他们就在bravo小队失联前的最后发送消息的地点找到了已经坠落的直升机，除此之外还有bravo小队直升机驾驶员杜利已经残缺不全的尸体，为了寻找其他队员的下落，alpha小队继续对山区展开了搜索，却没想到一场噩梦才刚刚开始。
约瑟夫·弗罗斯特的惨叫声突然打破了夜晚森林的寂静，他遭到了野狗模样的不明生物袭击。面对这种前所未见的恐怖生物，吉尔·瓦伦丁甚至打空了枪膛中的全部子弹都没有察觉，还在不断扣动着扳机。即使经过各种艰苦的训练，眼前这一幕还是让她吓得坐在了地上。
面对突发情况，在直升机上待命的布莱德·威克斯竟然驾驶着飞机仓皇逃走，把同伴们留在了危险地带。剩余的队员只得在队长威斯克的带领下且战且退，逃入了森林中的一座废弃洋馆。
野狗形怪物虽然被挡在了洋馆的大门外，但吉尔很快发现队友克里斯·雷德菲尔德不见了踪影。屋内传来的枪响让众人提起警觉，威斯克遂命令吉尔和巴瑞·波顿前往查看....
在幽暗走廊的一角，一个衣衫褴褛的人正蹲在那里，大快朵颐般地啃咬着什么，当它回过头来时，吉尔见证了她永生无法忘记的恐怖一幕-这个 “人”惨白的脸上皮肤已龟裂脱落，无神的双目闪烁着诡异的光芒，溃烂的嘴边尽是猩红的鲜血，浑身散发着令人室息的腐臭。而对方正在啃咬着的，竟然是Bravo小队的肯尼斯·萨利文的身体。对方发现了吉尔的存在，如同看见新鲜的食物般突然站起身，向前举起双臂，缓缓迈开双腿，喉咙深处发出不属于人类的低吼.....
惊慌失措的吉尔连忙跑回餐厅，守在那里的巴瑞连开三枪才击倒了这个“怪物"。两人都无法相信刚才发生的这一幕。当吉尔和巴瑞回到洋馆大厅时，本应留守在此的威斯克也不见了踪影。如果这只是一个噩梦，吉尔最大的希望是立刻醒来，但一切都是残酷的现实，而且才刚刚开始.....
谁知，本应该守在大厅的威斯克也不见了踪影，在寻找未果后，吉尔和巴瑞决定分头调查洋馆，并继续搜寻其他队友的下落。
随着吉尔一路搜寻，越来越发现这座洋馆的不同，这座洋馆虽然遭到废弃，但依旧雍容华美，与其不相称的，是四处出没的恐怖生物。这些“活着的尸体”几乎无处不在，走廊、转角、衣橱、甚至连浴缸里都....它们虽然肌肉组织溃烂导致行动缓慢，但似乎并没有痛感，身中数枪也不会丧失行动力，只有射击头部或者破坏其中枢系统才能成功杀掉它们。除了怪物，洋馆内还遍布着许多的机关，很难想象它的建造者是出于何种目的要如此设计的。铠甲、盾牌等不同符号的钥匙，藏着暗格的座钟和雕像，以及一些能夺人性命的陷阱。这些令吉尔多次身陷险境。
在洋馆内，吉尔不仅亲眼目睹了队友福尔斯特和理查德的死亡，还遇见了一只特别的怪物，它双手带着镣铐，双脚也被粗重的铁索绑住，每走一步都发出哐当哐当的声响，最为恐怖的是它的头部竟然贴满了许多女性的脸皮，而且它无法被杀死，总是会在被击倒后一小段时间重新出现，追逐着吉尔。
不多时，吉尔在洋馆地下洞穴下面遇见了受伤靠坐在地上的bravo小队队长恩里克，也许是恩里克自知命不久矣，他告诉吉尔S.T.A.R.S小队中也许有内奸的存在，这一切都是安布雷拉公司所策划的，当不明所以的吉尔打算追问下时，突然一颗子弹从暗处射向恩里克，将其杀死，虽然吉尔第一时间追了出去，却仍然没有见到凶手。
随后，在地下洞穴的一个石棺前，吉尔与巴瑞再次相遇，而此前巴瑞抛下她独自搭乘电梯离开的行为，加之bravo队长恩里克的一番话，让吉尔对巴瑞产生了怀疑，她慢慢的靠近巴瑞，想看他到底在搞什么名堂。
待到吉尔靠近跟前，巴瑞立马掏出手枪对准了她，早有防范的吉尔反手就从巴瑞手中夺过了武器，正在此时，那只带着镣铐的怪物又出现了，吉尔还是选择相信老队员，将枪还给巴瑞，展开迎击。战斗过程中由于触碰机关，石棺缓缓打开，而那只怪物也停止了对他们的攻击，捧出棺材内的一具骷髅头，用仅存的意识嘶哑的喊出“妈妈”，随即转身抱着骷髅跳向了悬崖。
原来这只怪物就是被用来做人体试验的莉莎，威廉·柏金正是在她身上才提取出了“G病毒”的原型，那具骷髅头则是她的母亲杰西卡，由于莉莎对母亲的想念，变异后的莉莎通过不断的杀害其他女性并剥下她们的脸皮，努力的想让自己不忘记母亲的样子，从而保留了那仅有的意识。
最终，吉尔和巴里在一座实验室内找到了失踪已久的威斯克，巴瑞再次举枪瞄准了吉尔，威斯克也向吉尔道出了整个事件的真相。
吉尔这才知道，威斯克是安布雷拉公司安插在警察局的卧底，所谓洋馆，不过是安布雷拉公司从事研究和开发病毒的阿克雷研究罢了，威斯克以巴里妻子和两个女儿的安危来威胁巴里听从他的命令，同时他也萌生叛逃安布雷拉的想法，这次alpha小队在洋馆的遭遇全都是由他一手策划的，目的是为了取得B.O.W（有机生化兵器）与S.T.A.R.S精锐部队的作战数据，以作为给新东家的投名状。
此时巴瑞一枪打落了威斯克手中的配枪，但对方还是释放出了培养皿中的生物兵器一暴君 ( Tyrant )。暴君先后打飞了威斯克和巴瑞，幸好刚刚苏醒的它还没有完全复苏，吉尔抓住它行动迟缓的弱点趁机将其击倒。但当吉尔叫醒昏迷的巴瑞后，两人发现威斯克已经不见了踪影。
研究所的警铃大作，冷漠的系统音提示着自爆装置已经启动。在撤离的途中，吉尔也终于见到了老搭档克里斯，他还带着Bravo小队的最后一名幸存者——瑞贝卡·钱伯斯。这位小姑娘其实已经经历了恐怖的一晚，当看到队友们平安无事时，她疲倦的脸上还是露出灿烂的笑容。
先前独自逃离的布莱德如今已经驾驶着直升机来到了研究所上空，但再度现身的暴君在停机坪上挡住了众人的去路。这个完全复苏的B.O.W.展现出了全部实力，超高的移动力，强大的破坏力，以及左手那轻易就能摧毁钢筋水泥的巨爪。如果放任它不管，周遭的市民必然惨遭涂炭。然而S.T.A.R.S.小队的成 员们几乎拼到弹尽粮绝，也似乎无法伤及暴君分毫，它完全没有要倒下的意思。紧急时刻布莱德从直升机上扔下了一个火箭发射器，克里斯负责吸引注意，吉尔趁机将武器捡起、给了暴君致命的一击....
但谁也不知道的是，威斯克早在释放暴君之前就给自己注入了“G病毒”，通过成功的假死瞒过了所有人的眼睛，在他取得此次作战数据后逃离了洋馆……
伴随着直升机的缓缓离去，洋馆在强烈的爆炸中灰飞烟灭，那些证明安布雷拉罪恶行径的铁证也不复存在。吉尔轻轻地依偎在克里斯的肩膀，疲倦的瑞贝卡早已沉沉睡去，巴瑞则专心地端详着家人的照片，众人默默无言。因为所有人都知道，真正的敌人是安布雷拉，真正的战斗才刚刚开始，一场与生化恐怖的战斗就此拉开帷幕!
浣熊市末日（上）（生化危机3前半部分+生2开头）
“洋馆事件”已经顺利解决，然而S.T.A.R.S小队幸存队员克里斯和吉尔等人所带回来的有关安布雷拉的报告却被浣熊市警察局艾恩斯局长压了下来，并且强行的解散了S.T.A.R.S小队。
艾恩斯局长这一奇怪的举动引起了克里斯的怀疑，于是向联邦调查局申请了对局长的内部调查，经调查得知艾恩斯局长在任命期间和安布雷拉公司之间来往密切，有过数次交易，为了铲除这个罪魁祸首，克里斯孤身前往欧洲搜集更多关于安布雷拉公司的犯罪证据。
1998年9月，威廉·柏金所的G病毒研究工作即将完成，为了不落入跟马库斯同样被卸磨杀驴的下场，他开始秘密联络美国军方，希望得到庇护，美国军方答应了他的请求，并派遣一支特种部队前往浣熊市接应威廉·柏金。而与此同时，安布雷拉截获了威廉打算叛出公司的情报，派出快速反应部队U.S.S（umbrella Security Service），抢在美国特种部队之前对“G病毒”进行回收工作。
在浣熊市地下研究所内，威廉·柏金面对四名全副武装的U.S.S队员的时候，不慎打翻了桌上一个水杯，随即遭到了本就神经紧张的队员们射杀，在开枪过程中击碎了很多实验器材，中间也包括许多活体病毒，临死前的威廉将一剂“G病毒”样本注入到自己体内，变异名为G的怪物，杀光了除汉克（HUNK）外的所有U.S.S队员。
在此次行动中，泄露的病毒经由城市下水道系统传播到了浣熊市的各个角落之中，由于官方对病毒泄露和洋馆事件的刻意掩埋，普通民众依然处在毫不知情的状态，殊不知浣熊市即将迎来自己的末日。
9月下旬，浣熊市的街道上开始传出凄厉的惨叫，很快悲鸣声就不绝于耳。泄露的T病毒从下水道传播到了城市的各个角落，甚至连饮用水都已经遭到污染。人们开始变成丧尸，袭击着身边的一切生命。虽然警察局很快就出动了大量警力，但面对这种怪物毫无作战经验的他们，也只是沦为下一个牺牲品而已。
渐渐的，哀鸣开始被丧尸的吼叫声所掩盖，幸存者已越来越少。天空下起的大雨虽然在尽力冲刷着街道上的血迹，却已没有方法能阻止这座城市呈现出的地狱般的光景，浣熊市很快也将迎来它的末日。
“这是莱肯市最后的机会，也是我最后的一线生机……”
“永别了我的人生……永别了我的家园……”
“这是我唯一生存下去的……也是我最后一次的……逃脱的机会……”
9月28日，留在浣熊市调查安布雷拉罪证的原S.T.A.R.S吉尔·瓦伦丁被一阵剧烈的爆炸从某栋建筑中掀飞出来，她正陷入无数丧尸的围剿，拼命逃亡。
吉尔一路逃到了一个仓库内，遇到了一个大叔。吉尔想要说服大叔和他一起逃亡，但是大叔说外面特别危险，将自己关在了一个集装箱里。吉尔看劝解无果，只能自己继续前进。
在一处酒吧内，吉尔碰巧救下了在洋馆事件中一同逃生的直升机驾驶员布莱德，布莱德此时受伤不轻，加之原本就胆小的性格使他近乎于崩溃，从他断断续续说的话中吉尔得知似乎有个恐怖的东西正在追杀他，“我们都会死在这里”布莱德一边这样说着，一边从酒吧后门跑了出去，不知所踪。
没多久后，刚到浣熊市警察局大院内的吉尔再次遇见了身受重伤的布莱德，还没来得及上前询问他之前那句话到底是什么意思，一个硕大的身影突然出现在他们两人之间，那是只从未见过的人形怪物，安布雷拉公司为消灭S.T.A.R.S小队而派出的新型B.O.W“追迹者”，只见它单手抓住了布莱德的脑袋并将他轻松的提了起来，然后用一根触手刺穿了布莱德的脑袋……随后“追迹者”就将的目标锁定在了吉尔身上，对其进行追杀。
吉尔躲过追踪者，藏进了警察局中。为了解开警察局大厅内电脑的锁定，吉尔凭借记忆找到了一张S.T.A.R.S.队员的身份卡，借此解开锁定。吉尔得知了S.T.A.R.S.办公室的钥匙所在。她找到钥匙，进入了S.T.A.R.S.办公室，之其中找到了一些装备。当她想离开时，突然从通讯装置发出了响声，调试后断断续续的听到“见鬼……我的小队……被包围了！……已经没有生还者了……我是卡洛斯……请求支援……”说完就没有动静了。
当吉尔想要回到一楼时，追踪者突然破窗而入。这次追踪者带来了新的武器——火箭发射器，吉尔为了躲避追踪者就逃离了警察局。吉尔出门后右转沿着街道来到了着火的地方，她使用开锁铁丝把旁边的门打开了，进门后刚走不远，一个怪物的身影一闪而过。在通过停车场的时候，吉尔受到了几只丧尸犬的袭击，但在吉尔精湛的射击技术下，还是顺利通过。
不久后吉尔看到了一个餐厅，她从后门进去，发先墙边的可燃性气体已经泄露了。正在此时，一个隐蔽在桌角的雇佣兵走了出来，经对话得知他是安布雷拉生化危机处理小队的卡洛斯班长，是安布雷拉公司派来拯救市民的，吉尔在警局二楼通讯机上听到的呼叫就是他发出的。正说话间，追踪者不期而至，吉尔拉开一枚手雷扔到了泄露的燃气罐旁，“轰”的一声，追击者倒下了，餐厅也差点被炸塌。
出来后吉尔问卡洛斯安布雷拉派他们来的真正目的是什么，卡洛斯的回到令吉尔感到非常气愤，吉尔认为这个城市之所以变成现在的样子全是安布雷拉的错!但是卡洛斯仍然认为他是来拯救市民的，并希望吉尔考虑一下跟他合作，卡洛斯说完转身就跑了。
吉尔用她在警察局和附近报社里找到的宝石打开了市政大楼的门。穿过街道，吉尔发现了这里竟然还有一辆电车，她就登上电车。进门后发现电车有几个零件好像有故障，电缆线断了，保险丝破损了，混合机油见底了。正在这时，吉尔发现了一个满头白发的雇佣兵，吉尔告诉他自己的身份后，那个雇佣兵念叨着“S.T.A.R.S.”就走开了。电车座位上还躺着一名伤的很重的雇佣兵，昏迷中嘴里短短续续的说着“不行，小心，来了......开枪，快开枪，队伍别被弄散了!”显然他经历过一场激烈的战斗。吉尔安慰了他几句后走进了电车控制室。
进门后发现卡洛斯也在里面，并且卡洛斯再次邀请吉尔加入他们的队伍，但是刚才吉尔遇到的那个满头白发的雇佣兵认为不能相信吉尔，经对话得知他是这群雇佣兵的头一一尼可拉士官，座椅上躺着的那位是弥汉尔队长，目前这群雇佣兵就剩下他们三人了，在卡洛斯的劝说下，尼可拉同意了吉尔的加入，他们下一步的计划是朝被指定为直升机起降地点的时钟塔区移动，在那边发出信号后就会有营救难民用的大型直升机降下来，因为所在的位置距离指定地点太长，并且大火挡住了去路，于是尼可拉提议利用这个电车作为移动的碉堡来越过危险地带，于是三人分头行动。吉尔拿起身边的扳手，离开了电车。
吉尔在附近的加油站找到了机油，而加油站也发生了爆炸，吉尔和卡洛斯差点受伤。两人决定再次分开。吉尔又在销售办公室找到了机油添加剂。在回电车的路上，又遭到怪物袭击。幸运的是，吉尔还是逃走了。
回到电车，大家一起修好了电车。电车开出不久，巨大的震动令吉尔和卡洛斯站立不稳，接着从后面车厢里传来弥汉尔的叫声，吉尔冲过去一看，居然是追击者跳进了车里，弥汉尔把吉尔赶到了前面的车厢，然后拉响了手雷跟追击者同归于尽。
然后麻烦还没有结束，列车的刹车在爆炸中失灵，情急之下两人只好选择了跳车前往目的地。在浣熊市的钟楼里，吉尔敲响了顶部的大钟，等待直升机的救援，不久后U.B.C.S的直升机果然前来救援了，当吉尔兴奋的挥手示意时，一枚突如其来的火箭弹击中了半空中的直升机，吉尔转过头一看，原来追迹者又追了上来，并且扛着火箭发射器将直升机击落了下来。
接下来，避无可避的吉尔与追迹者展开了激烈的战斗，最终追迹者倒在了吉尔面前，而吉尔也不幸被其击伤，从而感染了“T病毒”昏迷不醒，危在旦夕。
1998年9月29日晚上，刚从警校毕业的里昂·S·肯尼迪，于驱车前往浣熊市警察局就任的路上遇到了丧尸的袭击，在市内某处餐厅内遇到了来浣熊市寻找哥哥克里斯的女大学生克莱尔·雷德菲尔德，并救下了她。
随后两人开车去往警察局时被藏在车上的丧尸突袭，撞上楼房，紧接着身后一辆失控的油罐车冲了过来，情急之下里昂和克莱尔不得不跳车而逃，一阵爆炸后，冲天的火光将两人分隔在街道的两边，在确认对方都没有受伤后，决定分开行动，在警察局碰面，却不知一场前所未有的危机正在降临……
浣熊市末日（下）（生2+生3下半部）
爆炸过后，身处一片火海的里昂确认了克莱尔的平安，相约对方在浣熊市警察局汇合。
里昂躲过丧尸群，躲进了一家武器店中，没想到武器店的老板还是人类。老板看到里昂也是人类，就放下了手中的散弹枪，一番交谈之后，里昂从后门，离开了武器店。
在前往警局的路上，里昂发现整个城市的人似乎都已经变成了行尸走肉，大批丧尸不断的对他发起攻击，里昂虽是刚从警校毕业的嫩头青，但也知道这些家伙已经不再能被称为人类了，于是狠心将他们一一击倒。
穿越重重尸潮，里昂终于来到了目的地，浣熊市警察局。在警察局大门外，游荡着一只穿黄色上衣的丧尸，它和其他的丧尸一样行动缓慢，但是却十分耐操，里昂几乎打光了身上所有的子弹才将它击倒，在搜索这个丧尸时发现了一把更衣室的钥匙，并确认其就是不久前在警察局门口被追迹者杀害的布莱特。
推开大门，里昂来到了警察局大厅内，看到破损的窗户和满地的血迹，知道这里也未能逃过丧尸们的袭击，在一番搜索后，他在某间办公室内找到了一名重伤不起的黑人警察马文·布拉纳。里昂连忙上前询问浣熊市的这一切究竟是怎么回事，马文告诉了他这一切的前因后果。
原来，几个月前克里斯·雷德菲尔德和吉尔·瓦伦丁从洋馆事件所带回来的报告并没有得到警察局内高层的认可，所有人都认为他们两个可能是疯了才会说出如此耸人听闻的故事，事件报告也被艾恩斯局长扣留没有上报，直到如今丧尸遍布全城，马文才后悔当时没有听信他们两人的话。说完，深知自己时日无多的马文举起枪命令里昂继续去帮助其他的幸存者，之后便把自己反锁在了办公室中。
同时，克莱尔也来到了警局内，她在S.T.A.R.S的办公室里发现了哥哥克里斯留下的日记，日记上面直指安布雷拉公司就是这一切事件的始作俑者，因为无人相信自己，决定前往欧洲寻找安布雷拉公司的罪证。
克莱尔正准备离开办公室时，传真机突然接收到了一份来自联邦调查局的内务调查报告书，上面写到“克里斯·雷德菲尔德，关于您所要求而调查的结果，得知以下的信息。第一，目前无法确定安布雷拉公司是否在研发“G病毒”，后续将继续进行调查；第二，关于浣熊市警察局艾恩斯局长，据调查显示，怀疑他在这5年内从安布雷拉公司收受高额贿赂，并与一系列的事件有关，不过被某种手段所掩盖。此外也发现艾恩斯曾在大学期间有侵犯女生的经历。”
从办公室出来，克莱尔遇见了同在警察局内的里昂，两人简单的交换了情报后，决定继续搜寻幸存者再逃离这座地狱般的城市。
与此同时，安布雷拉公司为了消灭浣熊市里的一切反抗力量，将6只“T-103”型暴君投放到了浣熊市内，美军前来接应威廉·柏金的特种部队与其中的5只暴君遭遇，并且同归于尽，剩余的一只则投放在了警察局内与里昂二人相遇，经过一番艰苦的战斗，两人暂时击退了暴君，得以喘息的机会。
随后两人在走廊中听到警长办公室内传来一声尖叫，两人冲进去救下了一名小女孩，从小女孩告诉他们，自己名叫雪莉，她父母都在警察局地下的研究所工作，出于安全考虑，里昂和克莱尔打算带着雪莉一起找寻她的父母。
在乘坐升降机到达地下后，里昂和克莱尔在一处密室中找到了现任警察局长艾恩斯，他的身旁是市长女儿贝芙莉的尸体，不过此时的艾恩斯局长似乎已经有些失去理智，一直嘟囔着要把美丽的贝芙莉制成人体标本，在见到里昂身边的雪莉时，市长体内的病毒突然发作，他变成为了一个丑陋的怪物对他们展开了攻击，雪莉也受到惊吓跑得不知所踪，不过邪恶的艾恩斯局长很快就领了便当。
继续前行的里昂和克莱尔在地下停车场遇见了独自前来浣熊市研究所寻找失联男友的艾达·王，（她处变不惊的态度、飘逸灵活的身手和美丽的大长腿将里昂迷得神魂颠倒），同时几人也在某处牢房内发现一位名叫本·贝托鲁奇的记者留下的线索，“警局和安布雷拉地下研究所通过下水道连接在了一起。”此时艾达神秘失踪，经过一番商量后两人决定启程前往下水道寻找艾达与雪莉，顺便看看有没有其他逃生的出路。
在下水道里，里昂二人遭到了一个右臂异常强壮的变异怪物的攻击，在战斗过程中里昂不慎从一座断桥掉落，并在断桥下再次遇见艾达，而艾达此时正处于危险之中，情急之下里昂飞身而出为她挡下了从暗处某人那里射来的子弹，里昂的突然出现似乎打断了那个神秘人杀死艾达的计划，从而就此撤退。
受伤的里昂请求艾达跟他们一起行动，不要再到处乱跑，艾达表面上同意了里昂的提议，同时从随身携带的化妆盒中取出麻醉剂让里昂昏睡过去，临走时留下一句：“里昂，一定要活下去，这个人情我一定会还……”
随后克莱尔找到了昏迷不醒的里昂，两人继续前去地下研究所。在研究所内，他们遇见了一名穿着白色外套的女人，她自称安耐特·柏金，威廉·柏金的妻子，也是雪莉的母亲，在她的口中他们得知了“G病毒”的真相，原来开始遇见的那只有着强壮右臂的怪物就是威廉，而现在的威廉也只是一个呈现病毒特征，并寻求繁衍更强后代的可怕怪物，且越是和病毒宿主DNA信息相近的人，越能诞生出更优秀的后代，雪莉无疑是满足这种条件最佳人选。
此时，不远处传来雪莉惊恐的尖叫声，恐怕是已经被威廉所找到，事不宜迟，里昂二人立马前去寻找并营救雪莉，在临行前，安耐特告诉里昂，如果雪莉已经被注入了胚胎的话，就必须要注射地下研究所的疫苗。
经过一番寻找，他们最终找到了落单的雪莉，将她带往了一个安全室，可是此时的雪莉已经被威廉注入了病毒的胚胎，随着时间一点点的过去，她腹部的疼痛发作得越来越频繁，里昂二人不得不尽快去研究所内找到治愈“G病毒”的疫苗
在研究所的中央设施里，前来寻找疫苗的两人再一次遭遇了尚未被消灭的暴君，这次的暴君似乎比之前更为强大，两人施展浑身解数也不能将其杀死，枪伤未愈的里昂被暴君击倒在地并拎了起来，眼看就要身首异处。在这危急关头，艾达突然出现救下了里昂，同时将暴君打入了中央设施底下的熔炉之中，而她自己也因遭到暴君的反击身受重伤。
里昂连忙扶起受伤的艾达，奄奄一息的艾达也向里昂表露了自己的情感：“真不敢相信，虽然相处的时间很短，你居然能这么真心的对我……欠你的人情，我还了。”说完，她主动亲吻了里昂，然后就此昏迷过去。由于开始于暴君战斗时触发了装置，整个研究所内警报声大作，里昂也不得不暂时放下心中的悲痛，狠心离开。
逃亡的路上，里昂再次遇见重伤在一旁的安耐特，她告诉里昂“G病毒”疫苗的合成方法，同时也警告他们将自己击伤的威廉已经失去理智，进化为了更加恐怖的第二形态，然后就此死去。依照安耐特提供的合成方法，他们终于将疫苗制作完成，接下来只需要回去找到雪莉就可以离开这个是非之地了，可是在这个时候，他们与威廉相遇了，更准确的说，他们与G2相遇了。
这场长时间的战斗中，G2被击倒数次，但是每一次被击倒后它就会产生进化，最终进化成了G4形态，但是还是被里昂和克莱尔合力打落到了深渊之中，他们也成功了找到了雪莉并给她注射了疫苗，三个人一起来到了可以逃离研究所的列车面前。
在三人即将登上列车的时候，之前掉进熔炉的暴君也进化到了“T-103终极形态”，它挥舞着两个巨大而尖锐的利爪朝里昂等人冲了过来，一场血战不可避免的展开了。
此时的暴君相较之前更为强大，甚至比G4形态的威廉更加强悍，在战斗进行到白热化的时候，一个火箭发射器被扔了下来，“快用这个！”艾达的声音从上方传来，接过火箭发射器的里昂只随手几发就将暴君这个可怕的敌人带走。战斗结束后，里昂虽有心寻找艾达的踪迹，但如今形势不允许他这样做，只得乘上列车逃离此地。
然而故事总是不会这么轻易结束，威廉进化成为G5在疾驰的列车上对他们展开了最后的进攻，不知是出于何种原因，G5似乎已经不再能对他们构成太多威胁，因此这番战斗远远没有之前来得惨烈，相对轻松的解决掉了G5后，饱经磨难的里昂、克莱尔和雪莉三人终于在9月30日成功逃离了人间地狱般的浣熊市。
至此生化危机2结束
回到生化危机3
“10月1日，深夜，雨声淅淅沥沥地响着，我还活着.....”..
卡洛斯把受伤昏迷的吉尔转移到了时钟塔教堂里，这儿暂时还安全一些。吉尔醒来后已经明白自己感染病毒，并希望卡洛斯在她变成僵尸前杀了她。卡洛斯让吉尔挺住，自己去医院寻找疫苗。
卡洛斯刚出门就遇到了一群僵尸，干掉后来到餐厅又是一群僵尸。来到被大钟堵住的门前，奋力把大钟推来，就可以来到时钟塔后面了。出来后向左走市医院，向右走是公园。卡洛斯来到了医院，医院大厅尸横遍野，两只怪物从角落里窜了出来，消灭后向里走。
卡洛斯通过电梯来到四楼，下电梯了向里直走来到数据室。他突然听到枪声，卡洛斯跑过去一看，发现尼克拉居然还活着，原来是他开的枪，地上躺着一个雇佣兵，看样子刚死不久。对话后，尼克拉居然举枪瞄准了卡洛斯，危机时刻那个躺在地上的雇佣兵拉响了手雷，尼克拉跳到了窗外。
卡洛斯终于找到了疫苗，回到了钟楼。卡洛斯救醒的吉尔后，两人再次踏上了逃亡之路，之前被她消灭的追迹者也没有就此死去，仍然阴魂不散的追着他们，卡洛斯在无线电中得知了一个更加糟糕的消息，美军在天亮后就会发射核弹将整个浣熊市彻底毁灭，而此时，留给他们的时间真的不多了。
吉尔和卡洛斯赶到逃离点后，发现队长尼古拉已经将撤退用的直升机据为己有，尼古拉也自曝说，安布雷拉此次派遣U.B.C.S前来表面上是为了营救幸存者，实际上是要采集在浣熊市内生化武器的作战数据，而他现在已经将所有的采集情报人员杀死，自己回去后将独享所有的报酬。然后他就独自驾驶直升机离开了。
冤家路窄，吉尔在某处工厂迎来了与追迹者的最终决战，她利用美军特种部队遗留下来的电磁炮终于将追迹者彻底杀死，另一方面，不肯放弃逃生希望的卡洛斯依然坚持用无线电呼叫，希望有人能来营救他们。
最终，他的努力得到了回报，吉尔的老队友巴瑞收到了卡洛斯的求援信息，驾驶着一台直升机前来营救二人，吉尔这些人也终于在核弹到达前逃出生天。
故事回到一天之前，原来艾达是效命于一个与安布雷拉对立组织的间谍，目标是窃取安布雷拉地下研究所的“G病毒”样本，她在里昂离开后苏醒过来，并且赶在研究所爆炸之前取得了“G病毒”的研究样本，通过通讯器联络上了此前在洋馆事件中假死的威斯克·阿尔伯特，在艾达向他展示病毒样本之后，对方才给她指出了一条逃生路线，最终艾达也及时在爆炸前登上了一台直升机逃亡。
1998年10月1日清晨，美国政府执行了针对浣熊市的“灭菌计划”，一枚搭载着核弹头的导弹划破了天际，伴随着一朵巨大的蘑菇云的缓缓升起，浣熊市终于被清理和净化，美国政府将此次死亡人数达10万的事件命名为“浣熊市事件”，而在这次事件中活下来的幸存者只有寥寥数人，本尼迪·S·里昂、克莱尔·雷德菲尔德、雪莉·柏金、艾达·王、吉尔·瓦伦丁、卡洛斯·奥尔维拉、尼古拉队长、S.T.A.R.S队员巴里、“死神”汉克、和安布雷拉高层谢尔盖。
事件结束之后，克莱尔决定启程前往欧洲继续寻找她的哥哥克里斯，里昂则带着雪莉去寻求美国政府的帮助，在与时任军方官员的亚当·本福德协商之后，在雪莉得到官方保护的前提下，里昂答应了成为政府特工的要求。通过这次事件，美国政府向安布雷拉公司发出了停业营业的行政令，但是后者并没有服从，而是和政府展开了旷日持久的诉讼斗争……
关于汉克，在生化危机2中他被称为第四幸存者。因为除了里昂，克莱尔，雪梨外，汉克是第四个可以确定的生还者。而艾达直到生化危机4才确定存活。
生化危机代号维罗妮卡
背景资料：
1971年，在保护伞公司被众多研究员敬仰，同时也是始祖病毒奠基者，保护伞三大元老之一的爱德华·阿西福特（Edward·Ashford）感染始祖病毒而去世。其子亚历山大·阿西福特（Alexander·Ashford）早已取得博士学位，成为了阿西福特家族第六代家主。
亚历山大于1970年建造了南极研究所，主要研究基因遗传。然而研究却接连宣告失败，绝望之际他提取了家族创始人阿西福特家族第一代家主维罗尼卡·阿西福特（Veronica·Ashford）的基因，通过人工授精的方式制造出阿尔弗雷德·亚希福特（Alfred·Ashford）和阿莱克西亚·亚希福特（Alexia·Ashford）兄妹，寄希望与培养出智力超群的后代。
1981年7月27日，年仅10岁的天才少女阿莱克西亚·阿西福特从名牌大学以第一名的成绩毕业。在她的资质被安布雷拉（保护伞公司）领导人们所认可后，阿莱克西亚被Umbrella分配到南极基地担任研究主任，其名字在整个安布雷拉高层研究团队中迅速流传开来。
1983年2月17日，阿莱克西亚的哥哥阿尔弗雷德在南极研究所的家族密室中了解到自己与妹妹的身世，开始憎恨父亲亚历山大。
3月3日，12岁的阿莱克西亚通过一种极其特殊的方法，大胆的将始祖病毒与蚁后基因相融合，并挑选部分植物的DNA与之同化，最终成功创造出新型病毒“T-Veronica”（T-维罗尼卡病毒），之后她在哥哥阿尔弗雷德帮助下以自己的父亲亚历山大为首个人类实验体植入维罗尼卡病毒进行实验。
4月22日，维罗尼卡病毒人体实验最终宣告失败，亚历山大与病毒发生严重的排斥反应。化为危险的怪物-诺斯拉图。不久后，他被监禁于南极基地的地下秘密牢房中，一关就是15年。而兄妹俩隐藏了这个秘密，对外宣称亚历山大离奇失踪。阿莱克西亚从父亲的实验中发现了病毒的特性。为了彻底完善维罗尼卡病毒，阿莱克茜亚将维罗尼卡病毒植入自己体内，并通过超低温沉睡的方式延缓病毒催化变异全身细胞所造成的智力衰退与身体组织破坏，由此进入长达十余年的冬眠。亚历山大的失踪最终被安布雷拉高层认定为“死亡或背叛”，阿尔弗雷德因此被降级为地方长官，回到洛克福德岛（Rockford）出任军事训练司令。不久他出现恋妹情节并导致人格分裂，这使得有关维罗尼卡病毒的研究全部终止。
游戏内容：
1998年12月，为了寻找哥哥克里斯·雷德菲尔德（Chris Redfield）行踪而潜入安布雷拉公司巴黎研究所的克莱尔·雷德菲尔德（Claire Redfield），因行踪暴露而遭到逮捕，并被送到孤岛洛克福特岛的收容所。而这个刑务所是由阿修佛德家族（Ashford）所有，是个与外界隔绝的地方。
当克莱尔从昏迷中醒来时，就发现自己身处监狱之中。四周是一片黑暗，当她打开身上携带的打火机，就发现门口站着一个受伤的男人，那个男人将克莱尔从监狱里放了出来并告诉她自己逃吧，说完就坐到一边的椅子上。
当克莱尔出门后就发现岛上也陷入病毒泄露的危机中，在逃跑的途中她偶遇了史蒂夫·伯恩赛德（Steve Burnside），两人的亡命之旅就此展开。
克莱尔从史蒂夫那里得知附近有一个水上飞机厂，两人便决定分头去寻找飞机场。当克莱尔再次遇见史蒂夫时，史蒂夫告诉她，他从电脑里发现了发现一个叫克里斯的人的资料，安布雷拉正在监视他，克莱尔解释说这是她哥哥，并借此给里昂发了一封邮件。
在一栋古旧的洋馆内，克莱尔遭到了突如其来的枪击，还好反应及时躲到了石柱后才没有受伤。洛克福特岛的司令一阿尔 弗雷德.艾什福德怒斥克莱尔故意被抓，目的是让同伙发现这个基地。因为在她刚被抓不久后，基地就遭到了袭击，散布的t病毒让岛上变成了现在这副丧尸遍野的模样。这让克莱尔听得一头雾水，阿尔弗雷德似乎也不急着杀死她，而是变态地玩起了猫鼠游戏。
到达货仓时，克莱尔被一种右手异常发达的“长手怪( Bandersnatch)"抓住，危在旦夕之际史蒂夫破窗而入，用双枪的强大火力击倒了敌人，并自称是保护克莱尔的骑士。但史蒂夫并不愿意谈及自己的家人和过往，甚至说出“枪比人可靠多了”这样冷酷的话。没过多久克莱尔就知道了原因，当她因为木板的老旧风化不慎从二楼跌落、腿被废墟压住时，一只肥胖的丧尸缓缓靠近，但是一直以来都喜欢逞英雄的史蒂夫却似乎在经历着煎熬，一反常态地迟迟不愿意开枪，直到丧尸转而走向克莱尔的身边时，他才下定决心扣紧扳机、用冲锋枪开始扫射，口中痛苦地喊出的词语是“父亲" ....
史蒂夫的父亲曾是安布需拉的员工，但是他却窃取机密情报准备高价卖给其他公司，在事情败露被抓后，母亲因此被害，史蒂夫也和父亲一起被送到了这座监狱。因为父亲对金钱的贪欲断送了全家，史蒂夫觉得他根本是个蠢货，但是现在这个年轻人已经一无所有了，克莱尔看着他悲伤的背影，也不免起了恻隐之心。
一个身穿黑衣、 戴着墨镜的中年男子悄然出现在了克莱尔身后一阿尔伯特. 威斯克，这个在幕后策划了许久阴谋的人终于走到了台前，墨镜下发红的双眼也表明他已不再是普通的人类。正是威斯克袭击了洛克福特岛，导致整座岛变成了炼狱，现在他正好可以用克莱尔当诱饵引克里斯前来。
在艾什福德的官邸内，克莱尔听到了阿尔弗雷德和他妹妹之间的对话，随后又遭到阿莱克希亚的袭击。当克莱尔追着被史蒂夫打伤的阿莱克希亚的血迹穿过暗门后，竟然发现了假发和长裙，原来一直以来的阿莱克希亚都是阿尔弗雷德假扮的，思念妹妹的他产生了第二种人格。察觉到这一切的阿尔弗雷德自己也陷入了癫狂，不但启动了基地的自毁装置，更释放出暴君以图杀掉两人，但克莱尔和史蒂夫还是排除万难及时赶到了机场。然而在阿尔弗雷德的远程控制下，飞机进入自动驾驶模式，束手无策的两人也只好听天由命。
飞机的目的地是安布雷拉位于南极的基地，不过这里也已经通到了病毒的感染，到处都是生化怪物。当追到南极基地的阿尔弗雷德在与史蒂夫的对决中被打落悬崖后，地下室的怪物突然爆发出了怒吼，跳动心脏直接冲破了胸口的肌肉。原来这个名为“诺斯费拉图”的怪物是阿尔弗雷德和阿莱克希亚的父亲一亚历山大， 为了挽回艾什福德家族的荣光，他在27年前实施了“代号维罗妮卡”计划一将 祖先的优秀基因重组并注入到一位代孕母亲的卵子中，从而孕育出了一对双胞胎，就是阿尔弗雷德兄妹。拥有超高智商的妹妹阿莱克希亚被亚历山大视为重振家族的关键。
当兄妹俩察觉真相时已经是11年后的事了,他们残忍地对父亲实施了“t-维罗妮卡”病毒实验，实验失败的亚历山大变成了相貌狰狞的怪物，从此被关在了暗无天日的地下。克莱尔和史蒂夫击倒诺斯费拉图后，终于发现了逃生用的雪地车，但还没行驶多远就被巨大的触手掀翻在地。
原来阿尔弗雷德在临死前唤醒了沉睡中的妹妹一阿莱克希亚在15年前对自己注射了“t-维罗妮卡” 病毒，并利用低温装置抑制病毒的活性化，与之共存15年以达到免疫病毒的目的。如今阿莱克希亚已经苏醒，冷漠的眼神如同女王蔑视着蝼蚁，雪地里的巨大触手就是由她操控的。
另一方面，得到里昂通知的克里斯独自一人赶到了洛克福特岛，但是迟来-一步，他从罗德里格的口中得知克莱尔已经先行离开。这个好不容易幸存下来的人随后遭到巨大沙虫的袭击，永远长眠在了历代祖先生活的这座小岛上。虽然没有找到妹妹，克里斯却在此意外地遇到了一位“熟人”。
威斯克目前受雇于一个与安布雷拉敌对的组织，他此行的目的是阿莱克希亚，但是无意中牵连了被抓到此的克莱尔。怒不可遏的克里斯冲上前去，却被揍得毫无还手之力，即使是全力一击也仅仅是打飞了对方的墨镜，看着墨镜下那对野兽一般的双瞳， 对方已然不是普通人了。虽然威斯克对克里斯恨之入骨，不过眼前的首要任务是阿莱克希亚，而得知了妹妹身在南极的克里斯也急忙驾驶战斗机赶去。
到达南极基地后，克里斯顺利救出了克菜尔，长久以来为了找寻哥哥，她不知吃了多少苦，如今兄妹终于重逢，但是史蒂夫却不知所踪。当克莱尔再次见到那位失去双亲的青年时，史蒂夫已经被阿莱克希亚注入了“t- 维罗妮卡”病毒，身体发生急剧变异的他开始失去理智,用巨斧向眼前的女孩发起了攻击。但当克莱尔被阿莱克希亚的触手缠住时，变异的史蒂夫竟然停住了手中的武器，并喊出女孩的名字。情感让史蒂夫暂时恢复理智并一斧子砍断了触手，随后他也被触手贯穿了胸膛。"t-维罗妮卡” 病毒造成的变异现象逐渐消退，史蒂夫慢慢恢复了原本的模样，但是胸口流出的鲜血却已无法停止。史蒂夫抓起克莱尔的手轻抚着自己的脸颊，终于鼓起勇气向对方说出了心中暗藏的情感，但是一切已经太迟了。
威斯克要找阿莱克希亚的原因是对方的身体里有惟一的“t-维罗妮卡”病毒样本，高傲的女王当然不会让凡人掌控这种力量，她在病毒的作用下变异成怪物的形态，血液在接触到空气后直接燃烧起来，在地上形成火墙。即使几乎能够飞檐走壁的威斯克同样拥有超越常人的力量，但在交锋中也讨不到丝毫便宜，突然他发现了此时正藏匿在大厅的克里斯，于是决定把阿莱克希亚交给老部下解决，自己则先行离开。暂时击退阿莱克希亚的克里斯听到了妹妹的哭声，启动基地的自克希亚再度挡在了两人的面前，她在各种武器的攻击下不断进化,最终变得如同女王蚁一般。克里斯借助强大的线性粒子炮才得以将其击倒，这个妄图统治世界的高傲女王也被炸成了粉末。
在逃离的途中，威斯克突然出现并挟持了克莱尔，他还声称已经让人带走了史蒂夫，因为那具身体中残留着“t- 维罗妮卡”病毒，值得好好研究。这个阴谋家害得S.T.A.R.S.的众多队友都惨死在阿克雷山区，新仇旧恨让克里斯与威斯克两人间的宿命对决不可避免。但放弃了人类身份的威斯克实在太强，即使铁管都无法伤他分毫，克里斯根本毫无胜算，被打得口吐鲜血。就在威斯克准备给予致命一击时，克里斯机敏地拉下了机关，吊在半空中的钢材硬生生砸在对方身上，随后的爆炸也让他的面部遭到烫伤。受到重创的威斯克狂笑着放对手离开，克里斯赶在爆炸前坐上了克莱尔所在的战斗机，而这场尚未结束的宿命之战则在8年后才继续展开.....
