结局是全人类除了真嗣和明日香之外，全部都归于生命之海了，他俩也成为新世纪的亚当和夏娃。
以下是《eva》的相关介绍：
《新世纪福音战士》是由GAINAX、龙之子工作室共同制作的日本动画作品，简称EVA。于1995年10月4日-1996年3月27日在日本东京电视台首播，全26集。由庵野秀明担任主要编剧及总导演，贞本义行担任角色设计，绪方惠美、林原惠美、宫村优子、三石琴乃等人担任主要配音。
作品以发生了“第二次冲击”大灾害的2015年的世界为舞台，主要讲述了14岁少年少女们操控巨大泛用人形决战兵器“EVA”，与袭击第3新东京市的神秘敌人“使徒”之间的战斗故事。
该片播放期间收视率低迷，但是剧终后在社会上引起了毁誉参半的强烈反响。它与1970年代的《宇宙战舰大和号》及1980年代的《机动战士高达》并肩，成为了对后世动画作品产生影响的第三代动画作品，引发了动画热潮。
以上资料参考
百度百科——《eva》
以上只是网上别人的看法，我对此并不是完全同意，至少我个人即不是Asuka迷，也不是Rei迷...对于结尾的叙述，我个人觉得这里和简介中所说一样，内容交代得不是很全面，第一次看确实给人一种摸不着头脑的感觉，但多看几次我还是大致看明白了：最后由于真嗣选择了回到原来大家一起生活，Lilith崩坏了，所有的灵魂都得以解放，正如凌波所说的，只要人有活下去的意志，世界就会恢复原样，所以影片最后我们所看到的海洋是红色的，那是LCL的海洋生命都在其中，不用多久生命们就会复原，世界也会复原，总之，除了律子、美里这些已经死去的人还有失去了生存意志的诸如碇元度（真嗣的父亲）这些人以外，其他有生存意志的人都会复活
最后的结局是，真嗣脱离LILITH的绝对领域控制，因此第三次冲击被破坏掉，所有人类灵魂脱离LILITH的身体飞跃到月球轨道上，开始彼此进行人类的心灵补完
真嗣和明日香由于在EVA初号机和二号机里因此没有被加入补完仪式，而是以肉体形态存在于地球上，成为了下一代人类的亚当和夏娃
PS..我複製的喔..EVA我看得不多
如果是旧的剧场版的话是全人类的灵魂回到莉莉丝体内（挂掉），只留下了真治和明日香，而凌波丽成为神，新的世纪开始。最后还是以补完告终。
要是新的剧场版的话，据说会有一个新的结局（期待）EVA剧场版是什么东西?
